Menyelamatkan Gaara

Setelah Naruto kembali ke desa Konoha, dia langsung disambut oleh Kakashi yang memberinya ujian ulang untuk masuk dari tim 7. Ujiannya sendiri berbeda dari ujian ketika pertama kali tim 7 dibentuk. Kali ini Kakashi serius dan menggunakan Sharingan. Awalnya, Naruto dan Sakura kewalahan menghadapi Kakashi yang sangat kuat, cepat ditambah lagi memakai Sharingan. Namun keadaan itu berakhir ketika Naruto berhasil melakukan "trik biasa" pada Kakashi dan akhirnya membuat mereka berdua lulus ujian itu untuk ketiga kalinya.
Setelah itu, Naruto dan kawan-kawannya diberi misi level s untuk menolong Gaara, sang Kazekage, dari tangan organisasi misterius bernama Akatsuki. Tim 7 lalu mengejar Akatsuki, ditemani Chiyo, seorang wanita tua yang misterius. Deidara lalu membawa Gaara yang tak berdaya ke untuk diambil Bijuu di dalam tubuhnya. Tim 7 dibantu tim 9 pimpinan Guru Gai mendobrak masuk persembunyian Akatsuki dan melawan mereka. Sakura dan Chiyo melawan Sasori, Kakashi dan Naruto mengejar Deidara.

Naruto dan Kakashi yang mengejar Deidara, akhirnya berhasil menyusul setelah Kakashi menggunakan Mangekyou Sharingan untuk memutuskan tangan Deidara dan memperlambat gerakannya. Deidara yang terdesak berusaha kabur tetapi sempat dikencingi sebentar oleh Naruto. Deidara yang bersembunyi berhasil ditemukan oleh tim 9 dan diserang. Terdesak, Deidara mengeluarkan jutsu peledakkan diri untuk menutupi dirinya yang kabur lewat bawah tanah. Naruto dan kawan-kawan lalu mengambil tubuh Gaara yang sudah mati. Chiyo tergugah melihat Naruto mengorbankan nyawanya untuk menyelamatkan Garra dan menukar nyawanya unutk menghidupkan kembali Gaara. Ninja Konoha kembali ke desa setelah berpamitan dengan sang Kazekage, Gaara.